ce genre de chose est assez personnel sûrement mais "tréfonds" moi ça m'évoque plus un registre dramatique, épique, une épopée tragique...
D'ailleurs le TLF (ma référence^^) dit que tréfonds pour "ce qu'il y a de plus profond" est un usage "littéraire" (http://stella.atilf.fr/Dendien/scripts/tlfiv5/advanced.exe?8;s=367687815; ), je suis souvent plus touché pour ma part quand la poésie reprend avec sobriété les mots du quotidien.
Pour la rime c'est juste qu'en fait c'est pratiquement le même mot, ça me fait un peu la même impression que faire rimer "chauffer" et "réchauffer"
