Je pensai que, probablement pendant le bref instant où j’avais quitté la pièce pour parler avec la maîtresse de maison, ils avaient découvert un couteau maculé de sang sous le matelas que je ne me souvenais pas les avoir vus le soulever.
A mon avis le problème est que ta phrase est trop longue et compliquée, tu devrais la couper:
soit il ne pense plus et il est sûr : "Pendant le bref .... ils avaient découvert.... de sang. L'arme se trouvait .... soulever"
soit il pense encore (on enlève aussi probablement parce que ce mot met du doute mais il pense (donc il est) donc on sait déjà que ce n'est pas certain) : "Je pensais que, pendant que je parlais avec la maîtresse de maison [si on sait qu'il était dans une autre pièce, pas besoin de repréciser], ils avaient ... maculé de sang. L'arme se trouvait...."
note : si le narrateur sait de quel couteau il s'agit alors je dirais "découvert LE couteau"